Situé le long du fleuve Mississippi vers 1840, Les aventures de Huckleberry Finn se concentre principalement sur les péripéties de Huck et de Jim alors qu'ils voyagent seuls sur un radeau à travers la société du Sud. Le récit débute avec Huck rappelant les événements de Les aventures de Tom Sawyer, le précédent roman de Mark Twain, où il a fait sa première apparition. Huck explique ce qui s'est passé depuis lors : il vit désormais sous la tutelle de la veuve Douglas et de Mlle Watson, qui s'efforcent de le "civiliser".

Malgré leurs bonnes intentions, Huck se sent profondément mal à l'aise avec les règles strictes et le mode de vie imposé par la veuve Douglas et Mlle Watson. Pourtant, son ami Tom Sawyer parvient à le convaincre de rester afin qu'il puisse faire partie de leur bande de jeunes aventuriers. La situation de Huck se complique lorsque son père, Pap, un ivrogne violent et ignorant, refait surface après avoir appris que Huck a gagné de l'argent. Pap, motivé par la cupidité, tente de prendre le contrôle de son fils et, n'y parvenant pas légalement, le kidnappe.

Pap enferme Huck dans une cabane isolée et le maltraite régulièrement, surtout lorsqu'il est en état d'ivresse. Ce traitement brutal pousse Huck à envisager la fuite. Un jour, profitant de l'absence de son père, Huck élabore un plan ingénieux : il simule sa propre mort en laissant des indices qui laissent croire à un meurtre, puis il s'échappe en canoë qu'il a trouvé à la dérive sur la rivière.

Huck s'échappe ainsi de la vie oppressive imposée par son père et se lance dans une aventure qui le conduira à explorer non seulement le vaste paysage du Sud, mais aussi les complexités morales et sociales de la société américaine de l'époque.

Huck se réfugie sur l'île de Jackson, qui se trouve à une courte distance de St. Petersburg, la ville où il vivait avec la veuve Douglas et Mlle Watson. Pendant son séjour sur l'île, Huck observe avec une certaine satisfaction les efforts déployés par les habitants pour retrouver son supposé cadavre. Après quelques jours d'exploration sur l'île, Huck fait une découverte surprenante : il tombe sur Jim, l'esclave de Mlle Watson. Jim s'est enfui après avoir entendu que Mlle Watson envisageait de le vendre à un marchand d'esclaves. Les deux fugitifs, heureux de se retrouver, échangent leurs récits d'évasion et se réjouissent de la compagnie l'un de l'autre.

Une tempête frappe la région, provoquant des inondations qui gonflent les eaux du Mississippi. En explorant les environs, Huck et Jim découvrent un radeau et une maison flottant à la dérive sur la rivière. Ils récupèrent le radeau et décident de piller la maison pour y trouver des provisions. À l'intérieur, ils découvrent le cadavre d'un homme. Bien que les lecteurs ne l'apprennent qu'à la fin du roman, Jim reconnaît l'homme mort comme étant Pap, le père de Huck. Cependant, pour protéger Huck, Jim garde cette information pour lui et empêche le garçon de voir le cadavre ou de savoir qui il est réellement.

Après cet épisode, Huck décide de retourner à St. Petersburg déguisé en fille, pour recueillir des informations sur les nouvelles en ville. Lors de son incursion, il rencontre une femme récemment arrivée à St. Petersburg, qui ne le reconnaît pas. Cette femme lui raconte les derniers événements en ville, y compris la fausse mort de Huck et la fuite de Jim. Elle mentionne également qu'une récompense est offerte pour la capture de Jim et qu'elle soupçonne qu'il se cache sur l'île de Jackson, ayant aperçu de la fumée s'élevant de cette direction. Elle prévoit d'en informer son mari dès son retour.

Comprenant le danger imminent, Huck retourne sur l'île aussi rapidement que possible pour avertir Jim. Ensemble, ils décident de quitter l'île immédiatement et prennent le large sur leur radeau, poursuivant ainsi leur aventure sur le Mississippi, loin des menaces qui les guettent à St. Petersburg.

Huck et Jim élaborent un plan pour se rendre au Caire, situé à l'embouchure de la rivière Ohio. De là, ils espèrent prendre un bateau à vapeur qui les emmènera vers le nord, dans un territoire où Jim pourra retrouver sa liberté. Alors qu'ils descendent la rivière, leur voyage prend une tournure inattendue lorsqu'ils croisent un bateau à vapeur accidenté. Curieux et cherchant des provisions, Huck et Jim montent à bord du bateau échoué et découvrent trois voleurs en pleine dispute. Après une rencontre dangereuse, Huck et Jim parviennent à échapper aux voleurs, récupérant au passage de l'argent et un canoë.

Cependant, leur voyage est entravé par un épais brouillard qui les empêche de voir correctement. Malheureusement, ils passent devant le Caire sans le remarquer, se retrouvant ainsi involontairement plus en aval, en territoire esclave. À ce moment, Huck est en proie à un profond conflit moral. L'idée d'aider Jim à s'échapper l'angoisse, et il envisage sérieusement de le dénoncer. Mais lorsqu'il tombe sur un groupe d'hommes à la recherche d'esclaves en fuite, Huck, pris de compassion et d'affection pour Jim, choisit de mentir pour les détourner. Ce geste marque un tournant dans sa conscience morale, même s'ils ne parviennent pas à revenir en arrière vers l'embouchure de la rivière Ohio.

Alors qu'ils continuent leur périple vers le sud, Huck et Jim se trouvent embarqués dans une série d'aventures périlleuses. L'une des plus marquantes est celle où Huck se retrouve au milieu d'une querelle sanglante entre deux familles rivales, les Grangerford et les Shepherdson. Cette querelle, aussi absurde que mortelle, révèle à Huck l'absurdité et la brutalité des conflits humains.

Plus tard, Huck et Jim sauvent deux hommes qui prétendent être des figures royales : l'un se fait passer pour un duc célèbre, tandis que l'autre se dit roi. En réalité, ces hommes sont de simples escrocs. Le "duc" est un imprimeur itinérant, un acteur de théâtre itinérant, tandis que le "roi" est un charlatan, guérisseur de foi et prédicateur de réveils religieux. Bien que ces hommes soient de véritables fripouilles, ils parviennent à berner les habitants qu'ils rencontrent. Huck, bien que méfiant, se retrouve malgré lui impliqué dans leurs escroqueries. Cependant, lorsque les escrocs sont sur le point de se faire attraper, Huck, guidé par un certain sens de l'honnêteté, joue un rôle dans leur découverte. Malgré cela, les deux escrocs parviennent à s'échapper et rejoignent Huck et Jim sur le radeau, rendant leur voyage encore plus chaotique et imprévisible.

Au cours de leur périple, le duc et le roi ne manquent pas d'utiliser leur ruse pour monter diverses escroqueries à chaque occasion. Huck, Jim, et les deux escrocs sont témoins d'une scène particulièrement troublante : un ivrogne nommé Boggs est presque lynché, et l'incident se termine tragiquement par sa fusillade. Pendant ce temps, Jim, conscient du danger constant d'être capturé, est contraint de se cacher et de se déguiser pour éviter d'attirer l'attention des chasseurs d'esclaves en fuite.

L'escroquerie la plus audacieuse, et finalement la plus désastreuse, du roi et du duc implique une tentative de voler l'héritage d'une jeune fille endeuillée, Mary Jane Wilks. Les deux hommes se font passer pour les oncles de Mary Jane, Harvey et William Wilks, et parviennent à s'emparer de 6 000 dollars. Cependant, Huck, touché par le désespoir de Mary Jane et rongé par la culpabilité, décide de saboter le plan des escrocs. Il vole l'argent et le cache dans le cercueil de Peter Wilks, le défunt père de Mary Jane. Finalement, les deux escrocs sont démasqués, mais ils parviennent à s'échapper avec Huck et rejoignent Jim sur le radeau pour continuer leur voyage.

À court d'idées et désespérés, le duc et le roi commettent l'acte ultime de trahison : ils vendent Jim pour 40 dollars à des chasseurs d'esclaves. Bien que Huck ait souvent ressenti des doutes et des remords à l'idée d'aider Jim à s'évader, cet acte de trahison le pousse à prendre une décision cruciale. Il décide qu'il est prêt à risquer d'aller "en enfer" pour faire ce qu'il considère comme juste, et il s'engage à tout faire pour libérer Jim.

Huck découvre que Jim est détenu à la maison des Phelps, une famille qui, par un heureux hasard, se trouve être des parents de Tom Sawyer. Lorsqu'il arrive à la maison, les Phelps le prennent pour Tom Sawyer, leur neveu qu'ils attendent avec impatience. Huck, saisissant l'occasion, joue le jeu. Lorsque Tom arrive peu après, il comprend la situation et, pour entrer dans la comédie, se fait passer pour son frère, Sid Sawyer.

Tom, fidèle à son esprit aventureux, conçoit un plan extravagant pour libérer Jim, bien que Huck pense qu'un plan plus simple et direct serait plus efficace. Cependant, malgré ses réserves, Huck se plie aux idées farfelues de Tom, convaincu que suivre son ami est la meilleure option, même si cela rend la mission de libération bien plus compliquée et périlleuse qu'elle ne devrait l'être.

Après de nombreuses péripéties, Huck et Tom mettent enfin en œuvre leur plan complexe pour libérer Jim, qui implique de creuser un tunnel sous le bâtiment où Jim est retenu captif. Leur plan fonctionne, et Jim parvient à s'échapper. Cependant, au cours de l'opération, Tom est blessé par balle à la jambe. Plutôt que de fuir immédiatement, Huck se précipite pour trouver un médecin pour soigner Tom, tandis que Jim, malgré sa récente liberté, reste pour aider Tom, montrant ainsi son profond sens de l'humanité.

En conséquence de son choix de rester et d'aider, Jim est rapidement repris et ramené chez les Phelps. Le lendemain, Tom, désormais fiévreux à cause de sa blessure, finit par avouer toute la vérité à sa tante Sally. C'est à ce moment-là que la situation prend un tournant inattendu : il est révélé que Jim avait en fait été affranchi par Mlle Watson, qui, prise de remords, l'avait libéré dans son testament avant de mourir deux mois plus tôt. Ainsi, toute l'évasion, orchestrée par Tom, n'était qu'un jeu pour lui, une aventure inutilement dangereuse, car Jim était déjà libre.

Peu après, Tante Polly arrive et dévoile toute la vérité aux Phelps : le garçon qu'ils croyaient être Tom Sawyer est en réalité Huck. Cette révélation apporte un dénouement aux malentendus et tromperies qui ont jalonné leur aventure.

Jim confie également à Huck une autre vérité surprenante : l'homme mort qu'ils avaient découvert dans la maison flottante près de Jackson's Island était en fait Pap, le père de Huck. Avec cette révélation, Huck se trouve enfin libéré de l'emprise menaçante de son père.

Tante Sally, touchée par les événements, propose d'adopter Huck et de l'élever comme son propre fils. Cependant, Huck, fidèle à son esprit libre et rebelle, refuse cette offre. L'idée de retourner à une vie "civilisée" ne l'intéresse pas. Il décide alors de partir vers l'Ouest, cherchant à nouveau l'aventure et la liberté, loin des contraintes de la société.

Ainsi se termine Les aventures de Huckleberry Finn, avec Huck choisissant de suivre son propre chemin, refusant de se conformer aux attentes sociales, et préférant continuer à vivre selon ses propres règles, en quête de nouvelles expériences et d'une liberté sans entraves.